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STR鉴定科普
发布时间: 2024-07-26 点击次数: 298次1,STR简介:
STR(Short Tandem Repeat,短串联重复序列)基因位点由长度为3~7个碱基对的短串连重复序列组成 ,这些重复序列广泛存在于人类基因组中,可作为高度多态性标记,被称为细胞的DNA指纹。
2,生产流程:
STR的生产流程主要包括,样本收集,DNA抽提,毛细管凝胶电泳,数据导出和报告分析,其中比较重要的在于实验操作过程中的污染质控,以及后续的报告解读部分。对于需要做申报的公司,运行数据的保存也是相当重要的。
图1,STR整体质控流程
3,鉴定标准和位点:
参考美国国家标准学会(American National Standard Institute,ANSI) 标准:STR Loci (minimum set)TH01, TPOX, vWA, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317, and D5S818 Gender marker Amelogenin,采用ATCC公布细胞鉴定金标准8位点+1个性别位点,后续11个高度多态性位点辅佐判断。
图2,STR位点信息
4,完整的报告结果:
涵盖一个阳性样本质控峰图结果,数据库比对表,标准的STR鉴定报告,毛细管凝胶电泳测序峰图。其中,阳性质控是比较重要的,能确保实验操作过程中的污染判别,排查实验操作人员或者环境中的污染结果。
图3,完整的STR报告结果
5,质量管理体系:
上海翼和STR严格依据实验室质控标准:ISO9001质量管理体系,CMA司法鉴定标准,建立了完整的质量管理体系,从试剂耗材,到实验操作,数据监控等方面监控实验数据产出,确保数据的真实性及可靠性。
图4,质量管理体系
6,数据库比对:
目前比较常用的数据库包括,美国ATCC细胞库,德国DSMZ细胞库,日本JCRB细胞库,日本Riken细胞库,国家实验细胞资源共享平台,EXPASY数据库结果。翼和实验数据,通过自动检索软件,对比德国DSMZ细胞数据库结果,后续人员复核依照21位点结果,比对EXPASY数据库,国家实验细胞资源共享平台数据作为补充,复查数据结果。
图5,数据库比对结果
7,判读标准:
匹配度(EV值)计算公式:=匹配度(%)
EV值≥1.0,细胞绝对匹配参考细胞结果。
0.8≤EV值<1.0,细胞基本匹配参考细胞结果,基本匹配往往伴随多等位的结果,需要参考21位点的结果来判读是否是交叉污染,还是细胞微卫星不稳定导致的。
EV值<0.8,细胞不匹配。
8,增值服务:
(1) 基于QPCR方法的4种属鉴定结果,往往是人和小鼠STR鉴定体系检测不到信号值的情况下,免费帮客户补测种属。确保种属来源正确,或者排查其他种属源细胞污染的情况。4种属涵盖:人,小鼠,大鼠,仓鼠,4个物种。
(2) 10种属鉴定结果:QPCR原理的种属检测服务,后续根据客户意愿决定是否需要排查4种属外的其他物种结果。
(3) 英文报告:部分公司或者科研单位,尤其发表论文的老师,需要提供报告的英文报告用于发表论文。可以联系对应销售人员安排免费出具英文报告结果。
(4) 为期至少一年的数据保留,和半年的客户样本保留。
9,STR应用场景:
(1)常见永生化细胞的鉴定,论文发表和公司细胞库建库。
(2)细胞培养过程中的交叉污染情况排查。
(3)干细胞来源一致性比对。
(4)自主的原代细胞建立,排查污染和原始数据保留。
10,参考文献:
1,A resource for cell line authentication, annotation and quality control Nature 520,307–311(16 April 2015)
2,Cell line misidentification:the beginning of the end Nature Reviews Cancer 10, (June 2010)
3,American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.
4,Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1.